我公司是售卖汽车配件的，然后因为仿冒路虎，

如果您作为仓库主管，在明知是假货的情况下仍参与改包并销售，且涉案金额较大，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，您可能面临生产、销售伪劣产品罪的刑事责任。特别是当涉案金额达到100万这样的规模时，法律后果会相对严重。具体到您个人参与的两笔金额五六万，也会作为量刑的考虑因素。建议您积极配合调查，争取从轻处理。法律依据为《中华人民共和国刑法》第一百四十条，关于生产、销售伪劣产品罪的相关规定。
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如果公司想与您撇清关系，他们可能会试图证明您的行为是个人行为，而非公司行为。或者声称您是在未经公司授权的情况下进行的改包行为。对此，您可以准备相关证据，如聊天记录、公司指令等，证明您的行为是受到公司指示的。同时，您也可以咨询专业律师，了解您的权益和可能的法律后果，以便更好地应对公司可能采取的手段。
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从法律角度，您应该首先保留所有与案件相关的证据，包括聊天记录、工作指令、交易记录等。其次，及时咨询专业律师，了解您的法律地位和可能的法律后果。如果可能，寻求法律援助或律师代理，以更好地维护您的合法权益。最后，积极配合相关部门的调查，如实陈述事实，争取从轻或减轻处罚。